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INSTRUCTIONS

ZEISS 710 CONFOCAL

(Version 1.22 – February 2015)

STARTUP. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

SHUTDOWN. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

AXIOOBSERVER Z1 CONTROLS. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

AxioObserver Scope Controls. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Standard AxioObserver Objectives. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Epi-Fluorescence Filters. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

Hand Pad Controls. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

ZEN SOFTWARE. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Acquisition.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Considerations for good imaging.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Laser setting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

PMT Gain (Master). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Pixel dwell / Scan time. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Averaging.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Using Configurations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Comparisons between Olympus and Zeiss software.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Sequential Setup. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

Using Transmitted Light Detector. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

With Bright-field Imaging. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

With DIC Imaging.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

Saving Files - File Formats.. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Save As. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Exporting Images. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Exporting Options:. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Advanced Acquisition Options. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Tile Scanning. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Positions Tool. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Z-series Capture. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

Advanced Z-series Corrections. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

Brightness correction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

Index of Refraction Correction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

1 2 3 4 5 6 ... 11 12

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Seite 2 - 1. L SIGN LOGBOOK

ADVANCED ACQUISITION OPTIONS- Z- Stack- Time Series- Bleaching- Tile Scan- Positions- RegionsTILE SCANNING- Tiling or Montaging: Collecting a series o

Seite 3 - AXIOOBSERVER Z1 CONTROLS

Zen always collects a Z-stack fromthe bottom to the topNote:-- Total Z-series collection time is: "Scan time" for one focus position multipl

Seite 4 - ACQUISITION:

Notes:– You can set up to 10 different brightness points– "Extrapolate" will extend the interpolation to actual first and last slices. –

Seite 5 - USING CONFIGURATIONS

STARTUP1. L SIGN LOGBOOK2. Turn On Microscope MAINS Power switch Wait until Handpad comes on (~ 30 secs).3. Turn On COMPONENT & SYSTEMS swi

Seite 6

AXIOOBSERVER Z1 CONTROLSThe Zeiss Microscope can be operated via Scope Frame buttons, handpad controls or computersoftware interactively. AXIOOBSE

Seite 7

ZEN SOFTWAREOCULAR:—> Software control of Microscope stand. Select OCULAR tab to view through eye-pieces1. OCULAR >> ONLINE2. <Click>

Seite 8

4. IMAGINGNEW - sets up new image tab, leaving existing images open.AUTO-EXPOSURE - Using Auto-exposure can get you close, but WILL enlarge Pinhole se

Seite 9 - XPORTING OPTIONS:

Comparisons between Olympus and Zeiss software for conventional operations:OLYMPUS FV500vs.ZEISS ZEN (Button) BI / LSM OCULAR / AQUISITIO

Seite 10 - POSITIONS TOOL

SEQUENTIAL SETUP1. Open SMART SETUP and click “Best Signal” to setup Sequential mode. (You can save thisconfiguration for later use)2. Default setup

Seite 11 - Z-SERIES CAPTURE

USING TRANSMITTED LIGHT DETECTOR–> Setup bright-field for Köhler Illumination. Then maximize fieldstop aperture.With Bright-field Imaging:1. Setup

Seite 12 - Brightness correction

SAVING FILES - FILE FORMATSSAVE AS: --> Saving as .LSM saves everything and is best, but only Zen and Image Pro Plus will open theseimages correct

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